Η Ε.Π.Α.Α. έχει δική της περιουσία που προέρχεται από συνδρομές των μελών της εταιρίας, από εράνους, δωρεές, κληροδοτήματα και Κρατικές επιχορηγήσεις, τα έσοδα των οποίων είναι κατατεθειμένα στην Ε.Τ.Ε. Τα έσοδα και οι δαπάνες ελέγχονται από τις αρμόδιες Οικονομικές Υπηρεσίες του Κράτους.